提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
我国大部地区有大风降温和明显雨雪天气******
中新网1月10日电 据中央气象台网站消息,受强冷空气及南支槽影响,11日至15日,我国大部地区将先后出现雨雪及大风降温天气。此外,11日至12日,受冷空气大风影响,新疆东部和南部、甘肃河西、内蒙古西部、宁夏的部分地区有扬沙或浮尘。
我国大部地区有大风降温和明显雨雪天气
受强冷空气及南支槽影响,11日至15日,我国大部地区将先后出现雨雪及大风降温天气。其中西北地区东部、华北、东北地区大部、黄淮、江淮、江汉、西南地区东部、江南北部等地将有小到中雨转小到中雪或雨夹雪,部分地区大雪,局地暴雪;江南中南部、华南等地有小到中雨,局地大到暴雨,部分地区伴有雷电天气。11日至12日,新疆、甘肃、青海降温6~12℃,新疆北部、甘肃西部14~18℃,阿勒泰北部超过20℃,风力4~6级,山口风力可达8~10级;12日夜间至15日,中东部大部地区将先后出现6~12℃降温,内蒙古、东北地区、江汉东部、江淮、江南、贵州等地降温14~18℃,东北地区中北部超过20℃,风力4~5级,阵风6~8级。我国大部海域将有7~8级,阵风9~10级大风,渤海9~11级。17日早晨过程最低气温0℃线位于云南东部至贵州、江南南部一线,-10℃线位于华北中南部、陕西南部一线。
此外,11日至12日,受冷空气大风影响,新疆东部和南部、甘肃河西、内蒙古西部、宁夏的部分地区有扬沙或浮尘。
未来三天具体预报
1月10日08时至11日08时,内蒙古东北部、新疆北部和西部山区等地部分地区有小到中雪,其中,新疆北疆北部等地部分地区有大到暴雪(10~19毫米)。江南东南部、华南大部、台湾岛等地部分地区有小到中雨,其中,广西东南部沿海、广东西南部等地部分地区有大雨(见图1)。渤海、东海西南部、台湾海峡、巴士海峡、南海北部和中部海域将有5~7级、阵风8级的大风。
图1 全国降水量预报图(1月10日08时-11日08时)1月11日08时至12日08时,黑龙江西北部、新疆北部和西部山区、西藏西部、陕西北部、山西中北部等地部分地区有小到中雪或雨夹雪,其中,新疆沿天山地区、西藏西部等地局地有大到暴雪。江汉南部、江南大部、西南地区东部、华南等地部分地区有小到中雨,局地有大雨。新疆东部部分地区有8~9级风(见图2)。东海大部、台湾海峡、巴士海峡、南海东北部和中东部海域将有6~7级、阵风8级的大风。
图2 全国降水量预报图(1月11日08时-12日08时)1月12日08时至13日08时,内蒙古中部和东北部、黑龙江中部和西北部、新疆中部和西部、西藏西部和东部等地部分地区有小到中雪或雨夹雪,其中,新疆南疆西部等地局部地区有大雪。江南中东部、广东中北部等地部分地区有中到大雨,局地有暴雨。内蒙古中部、新疆东部等地部分地区有4~6级风,山口地区局地有8~9级风(见图3)。黄海大部、东海大部、南海东北部海域将有6~7级、阵风8级的大风。
图3 全国降水量预报图(1月12日08时-13日08时)(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |